Goodwin berpacaran dengan pelakon Joey Kern dan mereka bertunang pada Disember 2010.[16] Mereka memutuskan pertunangan pada Mei 2011.[17] Goodwin seterusnya berpacaran dengan pelakon sampingannya dalam filem Once Upon a Time Josh Dallas pada 2011.[18] Goodwin dan Dallas bertunang pada Oktober 2013,[19] dan berkahwin pada 12 April 2014 di California.[20] Goodwin dan suaminya mempunyai dua anak lelaki, Oliver Finlay Dallas dilahirkan pada 2014 dan Hugo Wilson Dallas lahir pada 2016.[21][22]

Pada tahun 2013, Goodwin menyatakan bahawa selepas meninggalkan Memphis, beliau "... meninggalkan dan meninggalkan Yudaisme untuk masa yang lama," dan bahawa, "Selama 10 tahun, tidak ada apa-apa. Beliau kemudian menyambung semula dengan kepercayaannya, dan berkata, "Saya seorang Yahudi oleh kelahiran, dan sekarang saya seorang Yahudi dengan pilihan."[7]